يتولى هذا القسم تنظيم علاقة الجامعة بالجامعات والمعاهد والمراكز العلمية العربية والدولية وتبادل الخبرات من خلال المشاركة في الملتقيات العلمية، ويتولى قسم الجامعات المهام التالية:
- إبرام مذكرات تفاهم مع المؤسسات العلمية العربية والدولية.
- تفعيل عضوية الجامعة في الاتحادات الجامعية.
- تبادل البرامج العلمية بين الجامعة والجامعات الأخرى.
- تشجيع البحث العلمي لأعضاء الهيئة العلمية بالجامعة من خلال تشجيع النشر في الدوريات التي تصدر عن الجامعات.